Dans un rapport de janvier 2016, la Commission nationale d'évaluation des politiques d'innovation (CNEPI) dresse le bilan de quinze ans de politiques d'innovation en France.
Il s'organise en cinq chapitres. Le premier rappelle la raison d'être des politiques d'innovation. Le deuxième présente l'évolution d'ensemble des politiques conduites à l'échelon national. Le troisième expose les grands objectifs poursuivis par le truchement de ces politiques et les moyens affectés à chacun d'entre eux. Le quatrième porte sur les politiques des régions. Le cinquième formule sur la base de ces analyses un certain nombre d'observations.

Le premier résultat de ce travail est la consolidation de l'ensemble des aides à l'innovation. Dix milliards d'euros, soit un demi-point de PIB, sont aujourd'hui consacrés au soutien à l'innovation par les différents acteurs publics.

Ce travail démontre en deuxième lieu l'État et ses opérateurs géraient en 2000 près de 30 dispositifs nationaux. Leur nombre est passé à 62, auxquels il faut ajouter ceux qui sont gérés par les collectivités territoriales. Il y a donc, inévitablement, redondance des dispositifs.
Qui plus est, la profusion des dispositifs crée, pour les acteurs privés ou publics, un problème informationnel.

Un troisième fait notable est l'évolution marquée des modalités de soutien. Les incitations fiscales, c'est-à-dire pour l'essentiel le Crédit d'impôt recherche (CIR), représentent aujourd'hui, avec 6,4 milliards d'euros, 60 % du soutien total, contre 17 % en 2000. Les aides directes, sous forme de subventions essentiellement, ont-elles été divisées pratiquement par deux en termes réels sur la période. Elles représentent à l'heure actuelle 19,1 % des soutiens, contre 81 % en 2000.

Quatrièmement, une réorganisation institutionnelle d'ampleur a été conduite avec la mise en place de deux grands acteurs : le Commissariat général à l'investissement (CGI), qui gère les Programmes d'investissement d'avenir (PIA), et la Banque publique d'investissement (Bpifrance), qui accompagne et finance les efforts d'innovation des entreprises. Les programmes innovation du PIA représentent en flux annuels moyens 57 % des soutiens directs et les financements Bpifrance, en équivalent subvention, 37 % (y compris les actions du PIA gérées par Bpifrance).

Cinquièmement, s'agissant des finalités, les dispositifs existants peuvent être classés selon cinq objectifs principaux identifiés par la commission :
- augmenter les capacités privées de R&D ;
- accroître les retombées économiques de la recherche publique ;
- développer les projets de coopérations entre acteurs ;
- promouvoir l'entrepreneuriat innovant ;
- soutenir le développement des entreprises innovantes.
Chacun de ces objectifs correspond aux finalités générales des politiques d'innovation et vise à compenser un handicap, améliorer les incitations, corriger un défaut de coordination ou pallier l'insuffisante densité des interactions entre acteurs de l'innovation. Ces objectifs n'apparaissent pas contestables en tant que tels.
L'objectif d'augmenter les capacités privées de R&D mobilise aujourd'hui plus des deux tiers des moyens publics alloués à l'innovation, soit 6 milliards d'euros. Tout d'abord via le canal du CIR. Ce dispositif, dont le gouvernement a annoncé la sanctuarisation jusqu'à la fin du quinquennat, n'a jusqu'ici fait l'objet que d'analyses partielles et devra être évalué en vue de décisions au début de la prochaine mandature. La commission prévoit d'y contribuer au cours de l'année 2016-2017.
Les trois objectifs suivants pris conjointement représentent 13,4 % du total des soutiens, mais mobilisent 32 dispositifs. Il y a donc coexistence d'un grand nombre de dispositifs de relativement petite taille.
Vient enfin le soutien au développement des entreprises innovantes, qui avec 1,4 milliard représente près de 16,4 % des soutiens. Comme le premier objectif, il mobilise la même proportion du total des soutiens qu'en 2000, mais tant leur volume que la diversité des dispositifs ont beaucoup augmenté.

Sixième et dernièrement, les régions se sont affirmées comme acteurs importants des politiques d'innovation. Le recensement des aides régionales effectué par la commission permet d'apprécier leur contribution aux finalités générales. Même si les soutiens qu'elles mobilisent sont limités à 5,4 % du total, ils représentent 15,2 % du soutien direct. L'Union européenne avec 4,5 % du total et 12,7 % des aides directes est un acteur de poids presque équivalent.